手术室无菌设计涉及建筑和装饰各个方面，如室内装修要求，灭菌方法，设施的自动控制等。但关键的是手术室内空气净化处理，医院手术环境必须采用空气洁净技术，任何普通空调器都不得直接用于手术室。
《规范》对不同级别手术室净化空调系统的技术要求、洁净间的气流组织以及空调设备和部件材料的技术选择都作了详尽的说明。

洁净手术室的建设和使用是非常昂贵的，每简洁净手术室都要采用独立设置的净化空调机组，净化系统至少设有三级空气过滤，天花板集中送风满布率大于0.75，换气次数20~36次/小时，对100级层流手术室工作面平均风速要达到(0.25-0.35)m／s，最小新风量60m3／h• 人，以及噪声、压力、温度和湿度的要求等等，这一切全都依赖巨大的电力消耗来支撑。洁净程度越高，其建造成本、运行费用和能耗也越多。因此，洁净手术室的建设要充分考虑到运行经济性和临床有效性，是否需要建设高洁净度的控制空间，如单向层流洁净手术室要全面慎重地进行论证。

应当认识到，引发感染的途径多种多样，主要是接触途径，并非空气途径。空气净化措施只对预防患者感染具有 潜在优势，并不能保证患者绝对不受感染。往往区域无菌程度越高、管理越严的手术室，病人通过直接接触感染或医生无菌操作不当而引起感染的可能性越大。因此加强综合无菌控制和管理，制定全过程、全方位的保障措施，也是无菌手术室建设的重要工作。